Siirtoikkunaa hallitaan siihen liitetyn korkeamman tason puhtaan alueen puhtaustason mukaan. Esimerkiksi koodaushuoneen ja täyttöhuoneen välillä kytkettyä siirtoikkunaa tulisi hallita täyttöhuoneen vaatimusten mukaisesti. Työn jälkeen puhtaan alueen käyttäjä on vastuussa siirtoikkunan sisäpintojen puhdistamisesta ja UV-sterilointilampun käynnistämisestä 30 minuutin ajan.
1. Puhtaalle alueelle tulevat ja sieltä poistuvat materiaalit on erotettava tiukasti ihmisvirrasta ja tuotava ja poistuttava erityisestä käytävästä tuotantopajan materiaalien osalta.
2. Kun materiaalit tulevat sisään, valmistustyöprosessista vastaava henkilö purkaa raaka-aineet ja apumateriaalit tai ulkopinta puhdistetaan ja lähetetään sitten työpajan raaka-aine- ja apumateriaalin väliaikaiseen varastoon siirtoikkunan kautta; sisäpakkausmateriaalit poistetaan ulkoisesta väliaikaisesta varastosta sen jälkeen, kun ulkopakkaus on poistettu, Se lähetetään sisätilaan toimitusikkunan kautta. Työpajaintegraattori ja valmistus- ja sisäpakkausprosesseista vastaava henkilö hoitavat materiaalien luovutuksen.
3. Läpivienti-ikkunan läpi kulkiessa läpikulkuikkunan sisä- ja ulko-ovien "yksi avoin ja yksi suljettu" -vaatimus on pantava tiukasti täytäntöön, eikä näitä kahta ovea voida avata samanaikaisesti. Avaa ulko-ovi laittaaksesi materiaalin sisään ja sulkeaksesi oven ensin, avaa sitten sisäovi materiaalin poistamiseksi, sulje ovi ja niin edelleen.
4. Kun puhtaan alueen materiaalit lähetetään ulos, materiaalit on ensin kuljetettava asiaankuuluvalle materiaalin väliasemalle ja siirrettävä sitten pois puhtaalta alueelta päinvastaisen menettelyn mukaisesti, kun materiaalit tulevat.
5. Kaikki puhtaalta alueelta kuljetettavat puolivalmisteet on lähetettävä toimitusikkunasta ulkoiseen väliaikaiseen varastoon ja siirrettävä sitten ulkoiseen pakkaushuoneeseen logistiikkakanavan kautta.
6. Materiaalit ja jätteet, jotka erittäin todennäköisesti aiheuttavat pilaantumista, olisi kuljetettava puhdistamattomalle alueelle sen erityisestä siirtoikkunasta.
7. Kun materiaali on tullut sisään ja poistunut, puhdista puhdistushuone tai väliasemapaikka ja siirtoikkunan hygienia ajoissa, sulje siirtoikkunan sisäiset ja ulkoiset kulkuovet ja tee hyvää puhdistus- ja desinfiointityötä.